上海综合开发研究院实行院长负责制。原上海市经济体制改革办公室主任、研究员贺镐圣同志担任首届院长。现任院长为原上海市发展计划委员会正局级巡视员徐家树研究员。研究院具有强大的顾问班子。市委副秘书长、研究室主任王战，市发改委主任蒋应时，副主任浦再明，市法制办主任徐强，市国资委主任凌宝亨，市科教党委副书记俞国生，市建委副主任黄健芝，市外经贸副主任菅和平，市统计局局长潘建新，市房地局局长蔡育天，市工商局原局长张蔚文等均为本院高级顾问。研究院现有研究人员和工作人员25人，同时聘请了国内一批知名专家学者为本院特邀研究员。 　　

研究院设有六个部门、二个研究所和三个中心：综合管理部、对外联络部、战略研究部、财经咨询部、人才培训部、杂志编辑部、收藏文化研究所、信息时代心理学研究所、品牌发展研究中心、中国经济研究中心和投融资咨询中心。